Etimologia del nom:
El nom de la població està estretament vinculat amb el monestir, creat pel comte Guifré el Pelós al segle IX. El nom Sant Joan fa referència al titular del conjunt monàstic, Sant Joan Baptista. La segona part del nom, les abadesses, prové del fet que el monestir va ser regit per una comunitat de monges, dirigides per una abadessa, des d’aleshores fins el segles XI, moment en què van ser expulsades. Tot i això, el seu record perdura en haver donat lloc a la vila, nascuda a redós del conjunt monàstic. La primera menció escrita del topònim Sant Joan de les Abadesses és de l’any 1098.
Títol de Baronal Vila
El títol que ostenta Sant Joan té l’origen en el Monestir, que tenia el títol de baró, honor que va seguint ostentant el Capítol de Col·legiata, fins i tot després de perdre, l’any 1800, la jurisdicció. Posteriorment, el títol ha continuat aplicant-se a la vila.